パスワードの種類によってプロパティが分かれており、リファレンスからは見つけにくいが、
Workbook の Password プロパティ、もしくは Workbook.SaveAs メソッドのパラメーター を使います。
Dim XlsApp As New Excel.Application
Dim Book As Workbook
Set Book = XlsApp.Workbooks.Open("ファイル名.xlsx")
Book.Password = "password01" ' 読み取りパスワード
Call Book.SaveAs(Filename:="ファイル.xlsx", _
Password:="password01", _ ' 読み取りパスワード
WriteResPassword:="password01", _ ' 書き込みパスワード
ReadOnlyRecommended:=True) ' 読み取り専用を推奨する
Book.Close
パスワードは「最大 15 文字」となる。
Workbook.SaveAs メソッド
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/microsoft.office.tools.excel.workbook.saveas.aspx
